获得省部级以上优秀教学成果奖41项，研制的《医学通用题库》，获得军队优秀教学成果二等奖，在全国50多家院校推广使用。开发的教务管理软件《军队院校学籍管理系统》，被指定为全军和武警院校的教务管理系统。

73项省部级二等奖以上科研成果(占“十五”以来总成果的58.87%)已经转化为教学资源直接服务本科教学;主编出版“十一五”规划等高水平教材11部，58项多媒体教材获省部级以上成果奖;目前建有8门国家精品课程，国家双语示范课程3门，国家实验教学中心2个，16门广东省精品课程、7个广东省实验教学示范中心;建设了44门PBL课程、54门双语课程、33个本科生创新教育基地。

南方医科大学科学研究

2000年以来，先后承担各类课题2738项，获得纵向课题经费8.6亿元，主持国家“973”项目4项，牵头承担“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”国家科技重大专项2项，参与“重大新药创制”国家科技重大专项课题6项，牵头承担国家科技支撑计划项目1项，主持国家“863”课题16项，获国家杰出青年基金4项，获“教育部创新团队”2个。

2000年以来，学校以第一完成单位获国家自然科学二等奖1项，国家技术发明二等奖1项，国家科技二等奖8项，广东省科学技术突出贡献奖2项，广东省科技一等奖24项。

2000年以来，学校有5项科研成果7次入选国家公布的年度科技十大新闻，是广东省入选“十大新闻”最多的高校。

学校科技查新工作站是国内首批获教育部认证的医学类部级查新工作站。

根据科技部科技信息研究所公布的最新数据，学校国内论文产出2548篇，位居全国高校25名，在全国医药类高校名列第5位;侯凡凡教授的研究论文发表在国际最著名的临床类综合学术期刊《新英格兰医学》杂志，该杂志当年影响因子达到51.296，该成果被美国内科学年报评为“2006年内科学领域最重要的14项研究进展之一”。

南方医科大学医疗实力

卫生部国家临床重点专科11个,国家中医药管理局重点学(专)科7个,广东省临床重点专科17个,广东省医学重点专科7个,广东省医疗质量控制中心5个。

拥有6所直属附属医院，展开床位5700张，第一临床医学院(南方医院)、第二临床医学院(珠江医院)都是高水平综合性教学医院。

其中南方医院为全国百佳医院。

在消化病内镜诊疗、肾病综合治疗、骨科疾病诊治、重型颅脑损伤救治、烧伤整形和危重新生儿、危急重症孕产妇救治、微创外科技术、心脑血管介入、围产医学、口腔医学、中西医结合临床等领域形成了明显的技术优势。

南方医院惠侨科(惠侨楼)是国内开办最早、规模最大、收治海外病人最多的“涉外医疗中心”，被中央军委授予“模范医疗惠侨科”荣誉称号，并得到江泽民同志亲笔题词嘉勉。

南方医科大学产业开发

自20世纪80年代以来，学校坚持以“科学技术是第一生产力”为指导思想，开创了全国高校产学研一体化先河，以自主研发的“三九胃泰”、“正天丸”、“无限极口服液”、 “尿毒清”等产品为基础，先后创建了深圳南方制药厂(三九集团前身)、南方李锦记营养保健品有限公司(现名无限极(中国)有限公司)、广州康臣药业有限公司等国际知名的医药企业。

2004年转制地方以来，取得科技成果300余项，研制出国际上第一个SARS抗原检测试剂盒、国家Ⅰ类新药全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂、f-PAX系统等重量级的科研产品并成功转化，在生物医药、保健食品、医疗器械、日用化工等多个医药相关领域新建立了东方药林、南方洁灵、一大国隆、南方美迦、宜诚数字医疗等一批校办高新技术企业。